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マスターミックスの計算

一覧のページ。PCR以外にもシークエンス反応や制限酵素処理などもあります。
試薬ごとに薬品名や使用量少し違うので、項目は結構ありますがその中で1つ紹介します。

BioTaqの例です。50本分(実際は若干足りなくなるので51本で計算させる)のマスターミックスを作り、その後50本に分注することで、各試薬の量や濃度が説明書通りになるように計算させます。

計算後の結果の画面。いくつかのパターンが一覧で表示されます。左から
「1本」:1本で反応させる場合の全試薬の量。
「DNAなし」:テンプレートDNA以外はすべて同じ場合。19マイクロリットルずつ分注後、各チューブにDNAを1マイクロリットルずつ入れます。
「primerなし」:プライマー以外はすべて同じ場合。18.4マイクロリットルずつ分注後、各チューブにプライマーを0.8マイクロリットルずつ入れます。
「DNA,primerなし」:テンプレートDNAとプライマー以外はすべて同じ場合。17.4マイクロリットルずつ分注後、各チューブにDNAを1マイクロリットル、プライマーを0.8マイクロリットルずつ入れます。
その下に基本の反応温度条件も載せているのでこのページを印刷して実験室に持っていけば便利ですね。

マスターミックスの計算の紹介は以上です。
必要な機能が装備されると満足するのでデザインはイマイチです(笑)
これらはかなり昔作ったもので、データベース(DB)は使っていません。なので試薬ごとにページを作りサーバーにUPしないといけないのが面倒です。デザインの変更をしたくても全ページ修正しないといけなくなるので大変です。一方、DBを使えばその点簡単にできるのでいずれはDB版を作りたいですね。