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プライマーマップの紹介

ウイルスのゲノムやプラスミドのどの位置にプライマーがくっつくのか、というのを示した図がプライマーマップです。
プライマーDBにたまっている膨大な量の情報を活用できないか、と考えていて思いつきました。
プライマーDBには対象の生物名やウイルス名などを登録しているので、目的の生物やウイルス名で検索することができますが、そのリストからいちいち配列データを取ってきて(ゲノムの)どの位置にアニールするのか調べるのは面倒ですよね。

そこで、プライマーDBの中から使えそうなものをサクッと探すために、ウイルスゲノムの配列やプラスミドの配列をquery配列とし、それにくっつくプライマーを表示するようにしました。

検索結果の図はイマイチですが、SnapGeneViewerで扱えるファイルにエクスポートできるので便利だと思います。
どうぞご覧ください。→「プライマーマップ」(西川)