コンテンツへスキップ

ムギ類萎縮ウイルス(JSBWMV)に蛍光タンパク質遺伝子を入れてベクター化し、オオムギやコムギで光らせることに成功した、という内容です。

9月10日、Journal of General Plant Pathologyのオンライン版に掲載されました。こちら

このベクターはベンサミアナタバコでは光るのに、なぜかオオムギに接種すると感染しなくなります。理由は不明で、これまで世界中で成功例がありませんでした。しかし、単子葉植物のジョンソングラスに接種し、感染させた後であれば、オオムギに全身感染し光ることを発見し(下の写真)、この分野のブレークスルーとなりました。

この研究を主に担当したのは福島さん(今年の3月に修士修了)。彼女が学部3年生の時に配属されてからこのテーマで行ってきました。当初は「接種条件をちょこっと変えるぐらいで感染させられるだろう。卒論のテーマにはちょうど良いかも。」というぐらいのノリで行っていましたが、結局、卒業時には間に合わず、引き続き修士課程でのテーマになりました。

外部資金の研究内容の一部としても組み込んだので、彼女にはちょっとプレッシャーになったかもしれません。オオムギになかなか感染せず、途中で何度も心が折れかけましたが、彼女の努力により、今回の成果につながりました。単に接種法だけでなく、蛍光タンパク質遺伝子の安定性試験やさまざまなウイルスベクターの作製を行いました。これらの努力が評価され、先日の学会で学生優秀発表賞の受賞にもつながりました。(西川)

ウイルスのゲノムやプラスミドのどの位置にプライマーがくっつくのか、というのを示した図がプライマーマップです。
プライマーDBにたまっている膨大な量の情報を活用できないか、と考えていて思いつきました。
プライマーDBには対象の生物名やウイルス名などを登録しているので、目的の生物やウイルス名で検索することができますが、そのリストからいちいち配列データを取ってきて(ゲノムの)どの位置にアニールするのか調べるのは面倒ですよね。

そこで、プライマーDBの中から使えそうなものをサクッと探すために、ウイルスゲノムの配列やプラスミドの配列をquery配列とし、それにくっつくプライマーを表示するようにしました。

検索結果の図はイマイチですが、SnapGeneViewerで扱えるファイルにエクスポートできるので便利だと思います。
どうぞご覧ください。→「プライマーマップ」(西川)

トマトが持つトマトモザイクウイルス(ToMV)に対する抵抗性遺伝子の中で、最も強力でよく使われている遺伝子がTm-22です。近年、世界や日本の各地でこの遺伝子を打破するToMVが発生して問題になっています。

我々は熊本県で見つかったToMVを使って、抵抗性打破に関与するウイルス因子の特定と打破のメカニズムを解析しました。研究成果がVirus Genesに掲載されました。

本研究は主に卒業生が学生の時に行った研究成果をまとめたものです。ToMVは感染した植物の葉を触ったり水やりの水で伝染するので扱いがちょっと面倒ですが、注意しながら研究し立派な成果が出たと思います。

また、最近開発された立体構造予測プログラムを使い、ウイルス因子と宿主因子の相互作用時の立体構造の変化を調べました。こういう図を見ていると今流行りの(?)メタバースの世界に入り込んだ錯覚に陥ります(メタバースに入ったことないですが)。ウイルスには目がないけどこういう感じの世界を見ているのでしょうかね?興味のある方はSupplementary file 1(無料)をご覧ください。(西川)

梅雨前なのに暑い日が続いていますね!

今年は畑に獣害対策の柵を作りました。

ピンクのテープで畑の周りをぐるりと囲みました。

出来上がってみるとかなり目立ちますね!いい感じです!

台風などで倒れて作物に影響が出ないかが少し心配です。

そして、早くもかぼちゃ2株がやられてしまいました。

おそらくゴールデンウィークに水やりを怠っていたことが原因ではないかと考えています…。

新しく2株買い足したので、次こそちゃんとかわいがってお世話していきます!

(文責:加藤)

3月に行われた日本植物病理学会で、2つの受賞がありました!

・学会賞
守川俊幸氏(1985年3月学部卒、1987年3月修士修了)が「難防除ウイルス病の生態および防除に関する研究」で学会賞を受賞しました! 学会賞は植物病理に関連する研究に尽力された3人に毎年授与されます。守川氏は特にチューリップに感染するウイルスの研究を長年に渡って行っており、近年ゲノム配列を決定したチューリップ条斑ウイルスの成果も含まれています。先月には研究室にも訪問していただき、受賞をお祝いしました。

・学生優秀発表賞
福島千夏さん(2020年3月学部卒、2022年3月修士修了)が「ムギ類萎縮ウイルスの蛍光タンパク質発現ベクター化と接種法の検討」で学生優秀発表賞を受賞しました! この賞は、大会の学生の発表の中から優れた発表に送られる賞で、当研究室からは10年以上ぶりの受賞になります。たくさんの感染性クローンを作って接種した3年半の苦労が報われて良かったです! 現在、発表した内容を記した英語論文も投稿中です。

<追記> 農学部栄誉賞もいただきました!

(文責:煉谷)

こんにちは!

今年度も大学の敷地を利用して野菜を育てます。

去年よりも広い面積を使うので、2日に分けての作業になりました。

1日目は秋の畑の片付けや除草作業。

手作業だと除草だけで日が暮れてしまいました…。

日を改めて定植作業です!

この日は畑の近くをオオスズメバチが飛んでいて、おびえながらの作業でした(笑)。

今年はキュウリやナスのほかにもハバネロなどの変わり種にも挑戦します。

去年は鳥や虫に結構やられてしまったので、しっかり対策してきたいです!

耕耘してくださった資源事務の加藤さんや、手伝いに駆けつけてくれた分子昆虫学研究室の皆さん、ありがとうございました。

今後も収穫までの様子を投稿してきたいと思いますので、お楽しみに☆

それでは~。

(文責 山口)

宇都宮大学の公式YouTubeチャンネルがあるのをご存知ですか?

そこで、卒業後に社会で活躍する先輩の紹介として、植病のOBである山本大稀さんが紹介されています!

化粧品メーカーの工場で働いている様子などを見ることが出来ます。

自慢の先輩です!ぜひご覧ください。(宇大卒業生が語る、大学生活と今(農学部 生物資源科学科、大学院 地域創生科学研究科 分子農学プログラム) - YouTube

さて、暖かいを通り越して暑い日もありますが、そろそろ畑の様子もお伝えしていきたいと思っています。

(文責: 加藤)

先日、やっとサーバーマシンを入れ替えました!
これまで使っていたマシンは10年以上前のもので、OSはWindows Server 2003の32 bit版!
Apacheは2.2で古く、PHPやMySQLのバージョンもかなり古いものでした(OS等のスペック的に上げられない)。とはいえ、サーバー用のマシンだったので、非常に堅牢で、大きなトラブルもなく安定して動いてくれました。

参考までに、ApacheとはWebサーバーのソフトで、Webページを表示させます。MySQLはデータベースで、データを格納しているやつです。PHPはMySQLからデータをとってきてApacheに渡したり、MySQLにデータを格納したりする、というイメージですかね。これらApache,PHP,MySQLが三位一体となって機能しています。

新サーバーは新たに買ったわけではなく数年前のマシンですが、まぁ、Webサーバーとして使うには十分なスペックでしょう。Linuxではなく相変わらずのWindows(Win10 Pro)ですが、64 bitなので、ソフトはすべて最新にしました!
しかし、これが地獄の始まりでした(笑)

サーバーを入れ替える際には、あらかじめ開発用環境で構築後、本番用サーバーに移すわけですが、全く動きませんでした。自作したDBはもちろん、トップページ用のPukiWikiも。それが昨年の年末の話。いきなり心が折れました。

主な原因はPHP。旧サーバーはバージョンが5.3でした。もちろん運用開始時は最新版でしたが、それが長い年月の間にどんどんバージョンアップされ、今は8.1になっています。記述方法がかなり厳しくなり、自作のDB用のファイルは全面書き直しを強いられました。
さらなる問題はMySQLのバージョンアップです。これも新しくなることで若干動きが異なります。

あるページを修正し、いざ動くかどうかテストして動かなかったとき、それがPHPが原因なのかMySQLが原因なのか、はたまたApacheが原因なのか全く分からないので、何をどうすればよいか途方にくれます。ブラウザの更新ボタンを押した後にページが表示されなかったときの絶望感といったらありません。これを何度味わったことか!心が折れまくりです。ドットやカンマの有り無し、クォーテーションとダブルクォーテーションの違いなど、細かいところにミスがないか目を皿のようにして数10~数100行あるソースコードを見るのは本当に大変でした(×数10ファイル)。

ただ、表示されないとはいえ「このページは動作していません」というメッセージが出るのか、あるいは全画面が真っ白だったり、途中まではちゃんと表示されるなど、少ない情報も解決の手掛かりになりました。また、記述内容を減らしてうまく動いた後で徐々にソースコードを足していく、という作業も行いました。実験でうまくいかなかったときのトラブルシューティングと同じですね!

そういった作業を年末年始の休み、土日、平日の夜を使ってずっとやっていました。そんなこんなで、だいぶ環境も整い、いよいよ本格運用の時期が来たと思いましたが、話はまだ終わりません。

実は最初から開発環境はレンタルサーバーで行っており、そのPHPのバージョンは8.0でした。レンタルサーバーを使えば作業場所がどこであれ、シームレスに作業が続けられるのが良いですよね。実際、宇都宮(平日)と東京(週末)の間で移動時にデータの持ち運びは不要ですし、クラウドサービスを使っている感覚でした。さて、PHPは今でも8.0は8.1や7.4と並んでそれぞれ今でも更新が続いています。8.0と8.1はあまり違いないだろうということであまり気にしていませんでしたが、「8.0では動くけど8.1では動かない」というものがあり、そこでも心を折られました。基本、ソースコードの文法は間違っていないはずなので、何が間違いなのかすら分かりません。でも長年の経験で(?)その主な原因はMySQLとの相性だと分かりました。実はそれに気づいたのが最近で、データをレンタルサーバーからバックアップ用のPC(PHPは8.1)に移行した際に気づきました。すべての動作を試し切れていないので本格運用後もバグを見つけました。まだバグが残っている可能性はありますが、まぁ、その時はその時です(笑)
徹底的にバグフィックスするのは労力も時間もかかりますしね。早く新サーバーを運用したいという気持ちが強かったのもあります。

いやー、結局サーバーを替えたところで機能はほとんど変わらないのに、そこまで努力する必要あるの?と思われるかもしれませんが、それがロマンですよ!
マシンのスペックがUPしているので、クリックしてから画面が表示されるまでコンマ数秒速くなっているでしょう。そう考えるとうれしいですし、替えた甲斐があるってもんですよ!ねっ?

というわけで、各種DBの機能はほとんど変わらないので紹介ページは更新しませんが、トップページ(PukiWikiで作ったポータルサイト的なやつ)だけ少し変更があるのでそこだけ追記しました。ぜひご覧ください!
直リンクはこちら->室員専用ページ
(西川)

春眠暁を覚えず、二度寝の誘惑に負け続きの毎日です。

暖かくなってきたので、分子昆虫学研究室の皆さんとネギの定植を行いました。

除草作業で心が折れかけましたが、M1の皆さんが手伝いに来てくれて作業がはかどりました。数の力は偉大ですね!

ただの野原が…

それなりに立派なネギ畑になりました。

今後はサトイモやニンジンも植え、最終的には芋煮会を開催するところまで持っていきたいですね。

植病の畑の様子も近々公開できるように、頑張りたいと思います!

(文責 M2)

こんにちは!

桜が咲いたと思えば、すぐに散ってしまいそうなお天気ですね…

さて、3月25日は学位記授与式でした!

植病からはB4が5名、M2が3名、めでたく卒業・修了しました!

おめでとうございます♡

いい感じの桜の前で記念撮影しました。

ちなみにB4は全員進学です。頼もしい限りですね☆

一緒に盛り上げていきましょう!!

先輩方、いつでも遊びに来てくださいね!

(文責:浅岡)