今回のDBは「論文DB」です。
個人でEndNoteやMendeleyなどの文献管理ソフトを使っていると思いますが、そのような文献情報を共有するためのDBです。とはいえ、そんなに高機能なものではなく、主に学生がゼミで発表した文献の情報（レジュメ）を登録する場となっています。
後輩が論文を読むときにこのDBに載っているレジュメを読んだり、ゼミ発表の論文探し（先輩が発表済みだったら使えない）などに利用されています。
どうぞご覧ください。
直リンクはこちら->「論文DB」。（西川）
作成者: idenshi
プライマーDBの紹介
今回のDBは「プライマーDB」です。
PCRをする人はご存じのアレです。短い1本鎖DNAで、合成オリゴとも言われます。
一度使ったら不要になる場合もあるのですが、
・もう一度同じプライマーを注文したい
・塩基配列を確認したい
・すでに保有しているプライマーが利用できるか調べたい
・ファイルとして書き出して、解析ソフトで使いたい
などの理由で、プライマーの情報を集積して管理しています。
また、発注時のミスを防ぐ工夫もしていますのでぜひご覧ください。
直リンクはこちら->「プライマーDB」。（西川）
試薬DBの紹介
今回のデータベース（DB）は「試薬DB」です。
購入したい試薬。納品済みの試薬を管理しています。
試薬の発注はもちろん、大学の会計システムへの登録がスムーズに行えるようにいろいろ工夫しています。
どうぞご覧ください。
直リンクはこちら->「試薬DB」。（西川）
名簿DBの紹介
「室員専用ページ&DB紹介」内に「名簿DB」を追加しました。
DBシリーズの1回目です。全部で何回あるか分かりませんが（笑）
えーと、最初に言い訳をしますが、プログラムはPHPフレームワークなどを使わず、ほぼフルスクラッチで書いています。しかも普通のテキストエディタで。なので必要な機能が実装出来たらその時点で満足してしまい、デザインを考える意欲は無くなります（笑）なので、見た目がショボイのはお許しください。誰かデザインセンスのある方でCSS（Cascading Style Sheets）が分かる方はお知らせください。
さて、話は戻して、今回の名簿DBですが、これは住所録のようなものですが、それをWeb上で管理しています。たいてい住所録は専用ソフトやエクセルで管理していると思いますが、そうすると登録作業や共有することがちょっと面倒ですよね。たとえば3年生が配属されて研究室に来た時にその場で連絡先を登録してもらいますが、我々のシステムだと複数のパソコンを使って全員同時に登録ができます。時短！
また、情報を一元管理することで用途に応じてさまざまな形で出力することができますし、情報の修正も1回で済みます。例えば「研究室の名簿」「〇〇研究会の名簿」・・・のように複数の名簿があり、同一人物が複数の名簿に載っている場合、データを修正する際は全部の名簿を修正しないといけませんが、そういう煩わしさからも解放されます。
メールソフトは主にOutlookを使っていますが、研究室に配属された新メンバーのメールアドレスの登録も簡単です。メールアドレスの直打ちどころか、コピペすらしません。詳細は「名簿DB」をご覧ください。ちょっと情報量（機能）が多くて長いですが、まだまだ序の口ですよ（笑）（西川）
室員専用ページを紹介していきます
研究室内だけで室員が閲覧できるページ（室員専用ページ）というものをずっと前から構築しているので、ここで紹介していきたいと思います。メニュータブの「室員専用ページ&DBの紹介」をご覧ください。
初回は「室員専用ページ」で、ポータルサイト的な感じになっています。リンク先のページやデータベース（DB）は追々紹介していきますので楽しみに待っていてください。
ちなみに現在使っているこのWebサーバー、かなり古いので近々新しくする予定です。基本、Apache、PHP、MySQLで構成されていますが、これらのバージョンは古く、そもそもOSがとっくにサポートを終了しています。サーバーを新しくする前の思い出作りに（？）と思ってこのHPで紹介しようと思いました。
研究室内での情報共有としてよく使われているのがNAS（Network Attached Storage）ですよね。もちろん植病でも使っています。ただ、単にファイル置き場としては設置や管理が楽でよいですが、それ以外の情報、例えば試薬の注文・購入履歴などをNASで共有するのはちょっと面倒です。エクセルファイルを共有すれば良いかもしれませんが、複数人が同時に更新できなかったり、いろいろ面倒なことが起こります。そこでDBを使ったサイトを作りました。詳細は後日。（西川）
2021年度修論発表会
分子農学プログラムの修士論文発表会がオンラインで行われました。
卒論発表会とは違い、Zoomを使ったリアルタイムの発表です。
みなさんすばらしい研究をしており、学会発表のようでした。
ウチの研究室からは3名の発表がありました。
小林さん：とあるウイルスの移行タンパク質の特定やトマトへの接種法を開発した、という内容です。感染性クローンが本来の宿主であるトマトに感染しないという”クセ”のあるウイルスを上手に扱い、見事感染させました！良かったです。
福島さん：とあるムギのウイルスを扱い、これは感染性クローンはムギに感染するけど、外来遺伝子（GFP）を発現するようにベクター化するとムギに感染しなくなるという、これもかなり”クセ”のあるウイルスです。学部3年の研究室配属時から研究を開始し、途中で何度も心が折れかけましたが約3年かけてやっと感染させることが出来ました！研究者魂というか、執念はすごいです。実験量も半端なく、すごく努力していましたし、やっと努力が報われた感じがしてちょっと泣きそうになりました。
小堺君：キュウリに感染するとあるウイルスの弱毒化のメカニズムの解析で、某企業との共同研究です。特許が関係しているので秘密保持の観点から学生は発表を聞くことができませんでした。教員からは同意書を頂きました。このウイルスは感染性クローンを作るのが難しいやつなので、なかなか大変でした。就職先でも同じような研究をすると思うので、これからも共同研究を続けられると良いですね。
3名ともかなり”クセ”のあるウイルスを扱いましたが、ちゃんと良い結果を出したと思います。
お疲れさまでした！（西川）
2021年度卒論発表会
新型コロナの感染拡大に伴い、昨年度に引き続き、今年もオンライン（オンデマンド）での卒論発表会となりました。みなさん立派な動画ファイルを作り、また、質問にもしっかり答えて（返信して）いたので良かったと思います。お疲れさまでした。（西川）
Breeding Science誌の表紙を飾りました
先日オンラインで公開されたオオムギ縞萎縮ウイルスの論文（https://doi.org/10.1270/jsbbs.21017）ですが、論文内の図が71巻4号の表紙を飾りました！知り合いは誰も冊子体を購入しておらず、実物が見られなくて残念でしたが、HPにPDFがUPされていたので良かったです。
表紙を飾ったのは2019年のJGPP（85巻4号）以来ですね。これからも表紙映えする写真を意識したいと思います。そこらへんは今どきの学生のほうが得意なのかもしれません。
あと、宇大のHPにもプレスリリースが出ました。もっと早く出しても良かったのですが、冊子体が出る（表紙を飾っている写真が出る）のが10月になってからだったので仕方ないですかね。宇大にはもっと良い成果を発表しているにもかかわらずプレスリリースを出していない先生が多いので、ちょっともったいないですね。（西川）
オオムギ縞萎縮ウイルスの論文が公開されました
オオムギ縞萎縮ウイルスの全5系統を全てGFP発現ベクター化し、オオムギのいくつかの抵抗性品種に接種したところ、GFP蛍光の有無と圃場での感染の有無が一致した、また、効率的な接種法を検討した、という内容です。
https://doi.org/10.1270/jsbbs.21017
また、本研究は「イノベーション創出強化研究推進事業」の支援により行いました。栃木農試との共同研究です。
各種ウイルスの感染性クローンは過去に在籍していた学生たちの努力の賜物です。やっと日の目を見ることが出来て良かったです。
GFP発現ベクターは今後いろんな解析で使っていきたいですね。
イチゴのウイルスの論文（その２）が公開されました
イチゴに感染しているウイルス（イチゴ斑紋ウイルス：SMoV）について全塩基配列を決定し、さらに世界で初めて感染性クローンを作ったという内容の論文が公開されました。栃木県農業試験場との共同研究です。
昨年公開されたイチゴの論文（SMYEVとSVBV）と合わせると、日本で発生するイチゴの主要なウイルス3種全ての全長塩基配列が決定されたことになります。